Inspección fiscal I+D+i

¿Cómo se desarrolla el control de la deducción fiscal por investigación e innovación?

Asegure sus deducciones fiscales por actividades de I+D+i ante una inspección tributaria mediante un expediente técnico sólido y conforme a la normativa española.

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Hablemos de su expediente de deducciones por I+D+i

Un primer intercambio para analizar sus proyectos de I+D+i, evaluar su nivel de exposición a una inspección fiscal y reforzar la seguridad de sus deducciones fiscales.

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¿Qué es la inspección fiscal de las actividades de I+D+i?

La inspección fiscal de I+D+i es un procedimiento administrativo mediante el cual el Estado español verifica la conformidad de las deducciones fiscales por actividades de investigación, desarrollo e innovación declaradas por las empresas en su declaración del Impuesto sobre Sociedades.

No se trata de un simple control contable, sino de un análisis tanto fiscal como técnico, que puede implicar a varias entidades públicas competentes.

El objetivo es garantizar que los gastos declarados en concepto de deducciones por I+D+i:

  • correspondan a actividades de investigación o innovación realmente realizadas,
  • y que sean elegibles conforme a los criterios definidos en la Ley del Impuesto sobre Sociedades, el marco normativo español y las guías publicadas por la Agencia Estatal de Administración Tributaria (AEAT) y las autoridades técnicas competentes.


La
procedimiento puede iniciarse dentro de un plazo legal de hasta cuatro años tras la presentación de la declaración, de acuerdo con las normas de prescripción fiscal en España.

Una inspección de I+D+i puede adoptar dos formas principales:

  • Un control sobre documentación, basado en el examen de los documentos presentados a distancia.
  • Un control in situ, que implica una verificación directa en las instalaciones de la empresa.


En algunos casos, la administración puede recurrir a una
pericia técnica externa, por ejemplo:

  • a través del CDTI (Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial)
  • o de organismos acreditados para evaluar la naturaleza científica o tecnológica de los trabajos declarados.


Este
doble nivel de análisis hace indispensable una preparación rigurosa, basada en una documentación técnica clara, estructurada y alineada con las expectativas de la administración tributaria española y de los expertos técnicos.

Información

¿Quién es responsable del control fiscal de I+D+i?

El papel de la AEAT (Agencia Estatal de Administración Tributaria)

En España, la AEAT es la autoridad fiscal responsable del control de las deducciones por I+D+i en el marco del Impuesto sobre Sociedades.

Verifica, entre otros aspectos:

  • la coherencia de los importes declarados en concepto de deducciones fiscales,
  • la elegibilidad de los gastos según los criterios definidos por la ley fiscal española,
  • la presencia, organización y calidad de la documentación justificativa aportada por la empresa.


Este control puede realizarse:

  • sobre documentación (solicitud de documentos a distancia),
  • o in situ (auditoría en las instalaciones de la empresa),
    según la complejidad del expediente o las áreas de incertidumbre identificadas por la administración.


Los inspectores de la AEAT analizan elementos como:

  • los gastos de personal relacionados con actividades de I+D/innovación,
  • las compras o amortizaciones correspondientes a proyectos elegibles,
  • los contratos de subcontratación científica o tecnológica,
  • la relación entre los aspectos técnicos (actividades y resultados) y los elementos fiscales de los trabajos declarados.

El papel de las entidades técnicas especializadas (CDTI / organismos acreditados)

Cuando la AEAT tiene dudas o necesita una evaluación técnica más detallada, puede recurrir a organismos expertos en el análisis de actividades de innovación.

Este papel puede ser desempeñado por:

  • el CDTI (Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial), habitualmente implicado en la evaluación del carácter científico o tecnológico de los proyectos,
  • u otros organismos técnicos acreditados, dependiendo del ámbito de la I+D.


Estas entidades analizan los proyectos desde una perspectiva
científica y tecnológica, basándose en criterios como:

  • la existencia de un reto tecnológico o un avance significativo,
  • la metodología experimental utilizada,
  • los resultados obtenidos y su correspondiente documentación.


El
informe técnico emitido por estos expertos influye considerablemente en la decisión final de la AEAT, aunque no sea jurídicamente vinculante.

La complementariedad de los dos aspectos del control

El control fiscal de I+D+i en España se basa en un doble análisis:

  • una revisión fiscal y contable por parte de la AEAT,
  • y una evaluación técnica por parte de expertos especializados.


Esta
complementariedad es esencial para valorar tanto la validez de los gastos declarados como la naturaleza real de los proyectos de I+D/innovación.

Un expediente completo debe demostrar:

  • la trazabilidad financiera de los gastos,
  • y la legitimidad científica o tecnológica de las actividades.


La
ausencia o debilidad de alguno de estos dos elementos debilita considerablemente la posición de la empresa en caso de inspección.

La posible intervención de otros organismos

En contextos específicos, otras entidades pueden intervenir de forma indirecta, por ejemplo:

  • la Seguridad Social (Seguridad Social), para verificar las cotizaciones asociadas al personal dedicado a la I+D+i cuando existen bonificaciones o reducciones sociales,
  • otras administraciones sectoriales, en función de la naturaleza de los proyectos o de las ayudas públicas implicadas.


No obstante,
la inspección fiscal de I+D+i recae principalmente en la AEAT, con la posible colaboración de expertos técnicos para el análisis científico y tecnológico.

¿Cómo se inicia una inspección fiscal de I+D+i?

Indicadores que pueden desencadenar una inspección

Varios signos y criterios pueden llamar la atención de la Agencia Estatal de Administración Tributaria (AEAT) y dar lugar a una inspección de I+D+i:

  • Importes elevados de deducciones por I+D+i en relación con la facturación o el tamaño de la empresa.
  • Variaciones significativas en los gastos declarados de un año a otro.
  • Ausencia o insuficiencia de documentación técnica durante una verificación anterior.
  • Proyectos cuya naturaleza parece alejada de la I+D o la innovación (por ejemplo, actividades de desarrollo comercial o mejoras menores sin carácter innovador).
  • Uso intensivo de subcontratación o proveedores externos no especializados, lo que puede dificultar la identificación clara de las contribuciones propias de la empresa.


La AEAT cruza
información fiscal, contable y social de la empresa (plantilla dedicada a la I+D, masa salarial, importes declarados, etc.) para detectar posibles anomalías o incoherencias.

También puede comparar los gastos de I+D+i declarados entre ejercicios sucesivos y con respecto a referencias sectoriales o estructurales, para identificar desviaciones significativas.

El calendario fiscal y los períodos inspeccionados

En España, la administración fiscal puede iniciar una inspección hasta cuatro años después de la fecha de presentación de la declaración del Impuesto sobre Sociedades, conforme al plazo de prescripción fiscal previsto por la ley.

Por ejemplo, una declaración de deducción por I+D+i presentada para el ejercicio 2022 puede ser objeto de control hasta 2026.

Este plazo obliga a las empresas a conservar todos los justificantes y expedientes técnicos durante al menos cuatro años, para poder responder ante una posible solicitud.

En la práctica, las verificaciones pueden iniciarse como parte de:

  • un control fiscal general del Impuesto sobre Sociedades,
  • o estar específicamente centradas en las deducciones por I+D+i.

Formas de inspección: documental o presencial

Existen dos formatos principales de inspección:

  • Documental: la administración solicita a distancia los documentos justificativos (expedientes técnicos, contratos, fichas de personal, comprobantes de gastos, etc.). Es la forma más habitual en una primera fase.
  • Presencial: los inspectores se desplazan directamente a las instalaciones de la empresa para examinar los documentos, entrevistar a los responsables de los proyectos y profundizar en el análisis.


En ambos casos, la
falta de respuesta, la ausencia de documentación pertinente o las incoherencias entre la descripción técnica y los datos contables pueden dar lugar a reajustes parciales o totales de las deducciones por I+D+i declaradas.

¿Cómo se desarrolla concretamente una inspección de I+D+i?

Recepción de la notificación de inspección

La inspección comienza con la recepción de un aviso de verificación por parte de la AEAT.
Este aviso especifica los ejercicios fiscales afectados y el tipo de procedimiento iniciado: inspección documental o inspección presencial.

En caso de inspección presencial, se fija una fecha de inicio y se invita a la empresa a preparar la documentación e identificar a las personas de contacto para los inspectores.

En una inspección documental, la AEAT envía una solicitud formal de información o documentación, normalmente con un plazo de respuesta de 10 a 20 días hábiles, dependiendo del tipo de documentos requeridos.

En esta primera fase, la administración puede solicitar:

  • una nota de presentación de los proyectos de I+D+i,
  • elementos técnicos justificativos,
  • o un expediente completo certificado, si la empresa ha recurrido a un organismo acreditado para una certificación ex ante.

Solicitud de documentos justificativos

Una vez iniciada la inspección, la administración requiere a la empresa una documentación detallada por cada proyecto declarado. Esta solicitud puede incluir:

  • el expediente técnico de los proyectos de I+D/innovación (metodología, objetivos, resultados),
  • la documentación contable y fiscal (balances, registros de gastos, nóminas, facturas, amortizaciones…),
  • los justificantes relacionados con la subcontratación (contratos, entregables, facturas),
  • las hojas de tiempo o sistemas de seguimiento del personal asignado a la I+D+i.


Estos elementos deben ser
coherentes, fechados, trazables y estar alineados con los importes declarados.
Cualquier discrepancia puede interpretarse como una anomalía o una sobreestimación.

Análisis técnico de los proyectos y su trazabilidad

Si es necesario, la AEAT o los expertos técnicos designados realizan un análisis en profundidad de los proyectos, según criterios inspirados en el Manual de Frascati (OCDE):

  • la existencia de una incertidumbre científica o tecnológica (reto a resolver),
  • una metodología experimental clara (ensayos, iteraciones, prototipos),
  • resultados tangibles que demuestren un esfuerzo de investigación o innovación,
  • una documentación suficiente que acredite la realización efectiva de los trabajos.


Si
estos criterios no se cumplen, el proyecto puede ser recalificado como no elegible para las deducciones fiscales.

Entrevista con los inspectores y fase contradictoria

Durante una inspección presencial, se pueden organizar entrevistas entre los inspectores y los responsables de los proyectos.
Estos intercambios son esenciales para aclarar:

  • el papel técnico de los equipos,
  • la metodología empleada,
  • el carácter innovador de los trabajos realizados.

 

Es también la ocasión para que la empresa defienda sus proyectos, aporte información adicional y responda a las dudas planteadas.
Esta fase contradictoria influye de manera determinante en el resultado de la inspección.

Peritaje técnico externo (certificación o consulta)

Si la AEAT no puede llegar a una conclusión clara con los documentos aportados, puede:

  • basarse en una certificación ex ante, si ha sido realizada por un organismo acreditado (ENAC),
  • o solicitar una evaluación técnica al CDTI u otras entidades reconocidas.

 

El informe emitido no es jurídicamente vinculante, pero influye considerablemente en la decisión final de la administración fiscal.

Cierre de la inspección y decisión final

Al finalizar el procedimiento, la AEAT envía a la empresa:

  • una notificación de regularización (si se detectan irregularidades),
  • o una confirmación de la validez de las deducciones (si todo está conforme).


La empresa puede
aceptar la propuesta o presentar alegaciones para impugnar ciertos puntos dentro del marco de la fase contradictoria.

La inspección concluye con una resolución final que determina el destino de los importes declarados y, en su caso, las sanciones o intereses aplicables.

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¿Qué documentos y elementos se exigen durante una inspección?

El expediente técnico: contenido esperado y recomendaciones

El expediente técnico es el elemento central de toda inspección de I+D+i. Debe demostrar claramente:

  • el contexto científico o tecnológico (estado del arte),
  • los objetivos y retos técnicos abordados,
  • la metodología de investigación o experimentación,
  • los resultados obtenidos y los entregables producidos,
  • la coherencia entre los trabajos realizados y los gastos declarados.


Cada proyecto debe presentarse con una
estructura compatible con las expectativas de la AEAT y, si corresponde, de los organismos acreditados (ENAC, CDTI).

Un expediente confuso, incompleto o con un enfoque excesivamente comercial puede derivar en un rechazo parcial o total de las deducciones.

Documentación contable y justificantes financieros

La AEAT exige una trazabilidad clara de los gastos. Entre los documentos esperados se incluyen:

  • nóminas y cotizaciones sociales del personal asignado a I+D+i,
  • facturas de subcontratación y sus contratos correspondientes,
  • justificantes de compras o amortizaciones vinculadas a los proyectos,
  • claves de reparto y cálculos de prorrateo del tiempo trabajado o la asignación de recursos,
  • balances y cuentas de resultados.


Es esencial una
correspondencia rigurosa entre estos documentos y los importes declarados en el Modelo 200.

Documentación de los proyectos de investigación

Además del expediente formal, la administración espera pruebas concretas de la actividad de I+D, como por ejemplo:

  • notas internas, cuadernos de laboratorio, documentos de diseño,
  • versiones sucesivas de productos, algoritmos, prototipos,
  • informes de pruebas, ensayos o simulaciones,
  • intercambios internos, correos electrónicos, entregables validados.


Estos elementos acreditan que los trabajos fueron
realmente ejecutados y que se enmarcan en una metodología estructurada de investigación o innovación.

Hojas de tiempo y fichas de personal

La justificación del tiempo dedicado a los proyectos es un punto clave de la inspección. Puede basarse en:

  • hojas de tiempo individuales o sistemas digitales de seguimiento,
  • procedimientos internos fiables de trazabilidad en RRHH.


Las
estimaciones generales no justificadas, o la falta de seguimiento formal, debilitan gravemente la credibilidad del expediente.

Coherencia con declaraciones fiscales anteriores

La AEAT compara sistemáticamente los datos actuales con los de años anteriores.
Cualquier incoherencia en los ámbitos, importes o métodos genera sospechas.

Por ello, es fundamental mantener una continuidad documental entre ejercicios, con criterios de elegibilidad estables y lógicas de cálculo homogéneas.

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¿Por qué la administración realiza un control de I+D+i?

El control de las deducciones fiscales por investigación e innovación tiene como objetivo garantizar el uso riguroso de los incentivos fiscales y verificar la elegibilidad técnica y financiera de los proyectos declarados.

Una verificación de la elegibilidad científica y técnica

La legislación española exige que los proyectos declarados para acogerse a las deducciones por I+D+i correspondan a investigación fundamental, aplicada o desarrollo experimental, según los criterios establecidos, en particular, por el Manual de Frascati de la OCDE.

En la práctica, muchas empresas declaran proyectos que en realidad se corresponden más con:

  • un desarrollo funcional o comercial,
  • una optimización sin novedad técnica significativa,
  • o actividades fuera del ámbito de la I+D/innovación.


El control permite
filtrar estos casos, mediante un análisis técnico riguroso, a veces confiado al CDTI o a organismos acreditados, con el fin de confirmar la existencia de retos tecnológicos y de una metodología experimental.

Una cuestión fiscal para el Estado

Las deducciones fiscales por I+D+i representan cada año un reto presupuestario importante para el Estado español.

Ante este desafío, la AEAT tiene la obligación de realizar un seguimiento riguroso de las declaraciones, con el fin de:

  • prevenir abusos,
  • corregir errores o interpretaciones excesivas,
  • y garantizar una aplicación equitativa del régimen entre empresas.


Un aumento del uso del incentivo

Desde hace varios años, el uso de las deducciones por I+D+i se ha intensificado, especialmente entre pymes y medianas empresas (ETI). Esta generalización ha conllevado:

  • un aumento del número de beneficiarios,
  • un crecimiento de los importes declarados,
  • y por tanto, un refuerzo de los controles, con inspectores especialmente formados y mayores colaboraciones con expertos técnicos.


Hoy en día, una
inspección de I+D+i ya no es una excepción: forma parte integrante de la gestión habitual de este incentivo fiscal.

Une inspection I+D+i peut avoir des conséquences financières, fiscales et administratives significatives, notamment si le dossier est incomplet ou si les projets sont jugés non conformes. Voici les principaux risques :

Una inspección de I+D+i puede tener consecuencias financieras, fiscales y administrativas significativas, especialmente si el expediente está incompleto o si los proyectos se consideran no conformes. Estos son los principales riesgos:

Reajuste fiscal parcial o total

Si la AEAT considera que los proyectos no cumplen los criterios de elegibilidad, puede proceder a un rechazo parcial o total de las deducciones fiscales por I+D+i declaradas.

Las causas más frecuentes son:

  • proyectos considerados como no innovadores o insuficientemente justificados desde el punto de vista científico o tecnológico,
  • una documentación técnica incompleta, incoherente o inexistente,
  • errores de cálculo o una mala asignación de los gastos a los proyectos declarados.

 

Los importes deducidos indebidamente son reintegrados en la base imponible del Impuesto sobre Sociedades, con las consecuencias fiscales correspondientes.

Reembolso de los importes percibidos

Cuando las deducciones ya han generado un beneficio fiscal (reducción de impuestos, compensación utilizada o mecanismo de monetización autorizado por la ley), la empresa puede verse obligada a reembolsar los importes percibidos.

En caso de una inspección que abarque varios ejercicios, el efecto acumulativo puede tener un impacto significativo en la tesorería.

Aplicación de sanciones o intereses de demora

La AEAT puede aplicar:

  • intereses de demora sobre los importes reintegrados,
  • sanciones fiscales, cuyo nivel depende de la calificación de la infracción, y que pueden oscilar entre el 50 % y el 150 % de los importes indebidamente deducidos, conforme a la legislación fiscal española.

 

Estas sanciones pueden afectar a varios ejercicios fiscales inspeccionados.

Impacto en la credibilidad de la empresa

Una inspección desfavorable puede también generar:

  • una mayor vigilancia en ejercicios fiscales posteriores (Impuesto sobre Sociedades, IVA, otros impuestos),
  • dificultades para acceder a otras ayudas públicas, como las subvenciones del CDTI o los programas de financiación europeos,
  • un deterioro de la credibilidad de la empresa ante las administraciones fiscales y técnicas.

Una inspección de I+D+i no se prepara en el último momento. La calidad del trabajo previo es determinante para asegurar su posición. A continuación, se presentan las buenas prácticas a seguir:

Anticiparse con un expediente técnico sólido

El expediente técnico debe prepararse en el momento de la declaración, no después. Debe incluir:

  • una presentación clara del contexto tecnológico,
  • los retos o dificultades encontradas,
  • la metodología experimental utilizada,
  • los resultados obtenidos,
  • y la relación directa con los gastos declarados.

 

Un expediente redactado con prisas, o basado en recuerdos imprecisos, suele ser inexacto, incoherente y difícil de defender.

Establecer un seguimiento riguroso de los proyectos

La trazabilidad es clave. Desde el inicio de los proyectos, debe conservarse:

  • notas internas, correos electrónicos, informes de ensayos,
  • versiones de prototipos, algoritmos o productos,
  • las decisiones técnicas tomadas durante el desarrollo.

 

Estos elementos constituyen pruebas concretas de una actividad de I+D estructurada.

Formar a los equipos sobre las expectativas de la administración

Los jefes de proyecto, ingenieros o responsables de innovación deben comprender:

  • qué caracteriza a un proyecto elegible para I+D+i,
  • la diferencia entre una prueba funcional y una experimentación científica,
  • los criterios que utilizan los inspectores.

 

En caso de inspección presencial, pueden ser entrevistados y deben estar preparados para defender sus trabajos.

Centralizar los datos fiscales y técnicos

Los proyectos de I+D+i suelen implicar a varios departamentos (técnico, financiero, RRHH, jurídico). Es esencial:

  • centralizar la documentación en un espacio compartido,
  • sincronizar los datos contables y técnicos,
  • evitar errores de alcance o duplicidades.

 

Una comunicación fluida previene incoherencias entre el discurso científico y los datos fiscales.

Mantener la coherencia entre lo técnico y lo fiscal

El vínculo entre lo descrito y lo declarado debe ser claro. Es necesario que:

  • los tiempos trabajados coincidan con los proyectos declarados,
  • los gastos estén justificados y directamente relacionados con la actividad de I+D+i,
  • la documentación técnica y contable cuenten la misma historia.

 

Un proyecto mal redactado, demasiado comercial o vago puede ser rechazado, incluso si es técnicamente elegible.

Contar con un experto en fiscalidad de la innovación durante una inspección de I+D+i no es solo algo «tranquilizador»: es una estrategia clave. Permite asegurar sus declaraciones, defender eficazmente sus proyectos y transformar un riesgo en un trámite controlado.

El valor añadido de un despacho especializado en fiscalidad de la innovación

Un despacho como BirdINNOV domina:

  • las expectativas precisas de la AEAT,
  • los criterios técnicos utilizados por los expertos,
  • los métodos para estructurar y redactar un proyecto conforme a los estándares oficiales.

 

Sabemos detectar los puntos débiles de un expediente, reformularlos, anticipar objeciones y preparar a sus equipos para los encuentros con la administración.

Seguridad en las declaraciones y auditoría previa

El acompañamiento comienza incluso antes de la declaración, con una auditoría técnica y fiscal que incluye:

  • la verificación de la elegibilidad de los proyectos,
  • la optimización de los importes declarados, sin asumir riesgos,
  • la elaboración de un expediente completo y defendible.

 

En caso de inspección, ya dispone de todos los elementos preparados. Ningún documento que reconstruir con prisas.

Defensa de los proyectos durante los intercambios con la administración

Intervenimos directamente en los intercambios con la AEAT. Esto incluye:

  • la preparación de los responsables de proyecto para las entrevistas técnicas,
  • la redacción de las respuestas a los requerimientos de información,
  • una presentación clara y estructurada de sus proyectos.

 

Esta postura profesional refuerza la credibilidad de su empresa y facilita la validación de sus expedientes.

Ahorro de tiempo y reducción del estrés para los equipos internos

Una inspección fiscal puede absorber a sus equipos durante varias semanas.

Al externalizar la gestión de la inspección, usted:

  • evita tensiones internas,
  • preserva la productividad de sus equipos de I+D, RRHH y finanzas,
  • y sigue centrado en sus proyectos de innovación.

 

Nos encargamos de todo el procedimiento hasta su cierre.

Una inspección de I+D+i bien gestionada puede convertirse en una palanca de mejora continua para su empresa.

Permite identificar los puntos fuertes y débiles en la gestión de la innovación, y adoptar mejores prácticas para el futuro.

Optimización de futuras declaraciones

La inspección pone de relieve:

  • errores o desequilibrios en la redacción,
  • zonas de ambigüedad sobre la elegibilidad,
  • o métodos de cálculo que deben ajustarse.

Estas observaciones permiten:

  • seleccionar mejor los proyectos declarables,
  • aclarar las decisiones técnicas y fiscales,
  • y reforzar la solidez de las futuras declaraciones.

 

Puesta en conformidad documental continua

La experiencia de la inspección motiva a adoptar buenas prácticas documentales desde el inicio de los proyectos:

  • archivo sistemático de los documentos clave,
  • actualización periódica del expediente técnico,
  • centralización de la documentación contable y de RRHH.

 

Estas prácticas reducen la exposición a riesgos futuros.

Mejor comunicación entre I+D y departamentos financieros

La inspección revela con frecuencia una falta de coordinación entre los equipos técnicos y financieros.
Es una oportunidad para:

  • definir un lenguaje común,
  • designar referentes compartidos,
  • y establecer una gobernanza clara de los proyectos de innovación.

 

Esto facilita las declaraciones, auditorías e incluso las relaciones con la administración.

Creación de una cultura interna de rigor documental

Más allá del aspecto fiscal, la inspección fomenta una cultura empresarial basada en la evidencia, el método y la transparencia.

Los equipos se vuelven más sensibles a:

  • la trazabilidad del trabajo realizado,
  • la justificación de las decisiones técnicas,
  • y la calidad de la documentación generada.

 

Este rigor refuerza la credibilidad de su empresa en todos sus proyectos innovadores.

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